Thoma ist seit September 2012 Referent für Seelsorge und Beratung im Landeskirchenamt in München. Nach seiner Ordination 2002 in Wunsiedel war er zunächst gemeinsam mit seiner Frau im Gemeindedienst in Wunsiedel und dann ab 2003 in Brand bei Marktredwitz. Von 2007 bis 2011 war der gebürtige Nürnberger Inhaber der Projektstelle „Notfallseelsorge im Kirchenkreis München“ und einer Pfarrstelle in Eching.
Thoma bringt viel Erfahrung aus dem Bereich der Seelsorge mit und ist ausgebildeter Rettungssanitäter. Er ist verheiratet mit Sylvia Thoma, Pfarrerin im Schuldienst in Markt Indersdorf und hat vier Kinder.